Махоко Ёсимото родилась в местечке Сэндаги, расположенном в одном из 23 специальных районов большого Токио Бункё. В своём районе ходила в среднюю школу № 8, затем поступила в старшую школу, расположенную в соседнем районе Итабаси. Окончила литературный факультет Японского университета в Нэриме.

Отец — Такааки Ёсимото (яп. 吉本 隆明 Ёсимото Такааки), — литературный критик, поэт, публицист, философ, культовая фигура в молодёжных кругах. Мать — Кадзуко Ёсимото (яп. 吉本 和子 Ёсимото Кадзуко) — поэтесса, выпустила несколько сборников хайку. Старшая сестра — мангака Ёико Харуно (яп. ハルノ 宵子 Харуно Ёико).

В 2000 году сочеталась браком с сертифицированным рольфером Хироёси Тахатой (яп. 田畑 浩良), в 2003 году родила сына.