Родился 17 января 1944 года в Сёдертелье в семье служащего французского посольства Шарля Анри Огаста Гийу и Марианны Бритты Сольвейг Ботольфсен, которая была дочерью разбогатевшего инженера норвежского происхождения. Из-за французского происхождения отца Гийу при рождении получил французское гражданство, но в 1975 году также получил шведское подданство.

Его родители развелись после того, как отец Гийу покинул Швецию. Вскоре его мать вторично вышла замуж за человека низкого социального происхождения, и семья перебралась в Норрчёпинг, где у Гийу родилась младшая единоутробная сестра Пиа. Методы воспитания у отчима оказались довольно суровыми, впоследствии Гийу описал их в своём романе «Зло». В Норрчёпинге Гийу проучился два года в местной начальной школе, где работал отчим, но затем семья переехала в Сальтшёбаден, где Гийу проучился ещё два года в местной начальной школе, после чего перешёл в реальную школу Ваза-Рил, откуда затем был исключён за нападение, воровство и вымогательство. После этого его отправили в школу-интернат Сольбака в Сёдерманланде, где он проучился с января 1959 года до конца весны 1960 года (тамошние годы он также описал в романе «Зло»). Закончив в 1964 году Виггбюхольмскую школу, Гийу два года изучал юриспруденцию.

Достоверность того, что у Гийу была тяжёлая юность из-за тирании отчима и из-за условий обучения в Сольбаке, в разное время оспаривалась как его матерью и сводной сестрой, так и одноклассниками и учителями. В 1966 году Гийу написал в газете «FIB aktuellt» разгромную статью о Сольбаке, что, предположительно, стало причиной или катализатором того, что после школьный реформы 1970 года Риксдаг не дал Сольбаку статус национальной школы, из-за чего интернат лишился господдержки и вынужден был завысить плату за обучение, что привело к его закрытию спустя три года.