Родилась в аристократической семье, представительница княжеского рода Тархнишвили. В 17 лет открыла частную школу для крестьянских детей. В 19 лет вышла замуж за Александра Габашвили. У них было 11 детей. Сын — Реваз Габашвили, известный грузинский публицист и политик. В 1897 году основала женскую профессиональную школу.

Екатерина Габашвили — видный представитель грузинского критического реализма. Одна из первых ввела в грузинскую литературу малый прозаический жанр — небольшой рассказ, эссе. Литературные взгляды писательницы сформировались под влиянием русских революционных демократов и «шестидесятников» XIX века, особое влияние на её творчество оказал Илья Чавчавадзе.

Екатерина Габашвили умерла в 1938 году. Похоронена в Тбилиси в Дидубийском пантеоне.