Батурин родился в селе Аруметса (ныне село Малтса, волость Тарвасту) в семье рыбака. После окончания средней школы учился в сельскохозяйственном техникуме и в морском училище. Пять лет служил во флоте на Каспийском море и в Атлантике. В течение пятнадцати лет он был профессиональным охотником в сибирской тайге. На протяжении шести лет он работал на рыболовецком траулере, занимался строительством электростанций, участвовал в различных геологических экспедициях.

Батурин дебютировал со сборником стихов «Маа-alused järved» («Подземные озёра», 1968) на последней волне «кассетного» поколения 1960-х годов. Затем он перешёл на лирическую прозу. Одни из основных тем его произведения — лес и охота. В вышедшей в 1974 году книге «Kuningaonni kuningas» («Король королевской избушки») он описывает равновесие человека с природой. Один из самых известных его романов «Karu süda» («Сердце медведицы», 1989) рассказывает о таёжном охотнике, который стремится уйти от негативных сторон цивилизации. Этот роман был экранизирован в 2001 году. В его фантастическом романе «Kentaur» («Кентавр», 2003) местом действия являются нефтяные поля. Этот роман был отмечен литературной премией фонда Kultuurkapital.

Он писал стихи, прозу, пьесы, киносценарии и эссе. Он сам иллюстрировал свои книги и продюсировал свои пьесы. Его произведения были переведены на русский, украинский и литовский языки. Стихи Николая Батурина положили на музыку эстонские композиторы Раймонд Лятте, Эстер Мяги, Геннадий Таниель, Ану Таул и другие.