Биографические сведения о нём, как и о Шекспире, размыты и неоднозначны. Известно, что Бен Джонсон учился в Вестминстерской школе под руководством и, возможно, на средства историка Уильяма Кэмдена и получил там хорошее образование; есть указания, что после окончания школы он был каменщиком. Материалы, относящиеся к биографии Джонсона, в большинстве случаев носят легендарный характер. Имеются довольно обстоятельные воспоминания о Бене Джонсоне шотландского поэта Уильяма Драммонда, в которых изложены взгляды Бена Джонсона на искусство, его отношения к другим поэтам, к театру, но и приведённые здесь данные о Джонсоне недостоверны. Джонсон был одним из наиболее образованных людей своего времени, но неизвестно, каким путём он получил образование. Он был избран магистром искусств в двух университетах, посвящал им свои произведения, но нет никаких данных о том, что он был связан с научной жизнью университетов или даже учился в каком-либо из них.

Бен Джонсон служил наемным солдатом в войсках Френсиса Вира во Фландрии, потом около 1592 года вернулся в Англию. Около 1597 года он поступил в театральную труппу Ф. Хенслоу, где был как актером, так и автором пьес. Он прославился своей физической силой и храбростью, в 1598 году поссорился с актером Спенсером и убил его на дуэли, за что был арестован, но был помилован благодаря своим влиятельным друзьям. Во время своего тюремного заключения Джонсон стал католиком, но в 1610 году вновь стал англиканином.

Самым достоверным биографическим материалом являлось бы его творчество, но и оно очень мало исследовано, авторство многих приписываемых ему произведений сомнительно: в его время широко практиковалось коллективное писание и переделывание произведений для сцены. Кроме того, отсутствие закона, даже понятия об авторском праве давало возможность «пиратским издательствам» «переделывать заново» любое произведение и ставить имя любого автора на выпускаемой книге, разумеется, достаточно популярное. Вне всякого сомнения, некоторые произведения Бена Джонсона переделаны кем-то, некоторые написаны им в сотрудничестве с другими, а некоторые просто ему приписаны. Бесспорно принадлежащими Бену Джонсону можно считать только небольшое количество комедий и стихов, изданных им самим при жизни, но под его именем известно около пятидесяти отдельных произведений.