Родился 15 июня 1939 года в селе Сергиевка в Казахстане в семье учителей (отец преподавал в школе русский язык, а мать - корейский). Корейские предки Кима переселились в Россию ещё в XIX веке. Предок Ким Ги-Ен происходил из рода крупного военного чина, начальника королевской стражи, который в XV веке после дворцового переворота вынужден был бежать и скрылся в глухой провинции на севере Кореи. В 1937 году родителей Кима сослали в Казахскую ССР, а в 1947 году — на Сахалин.

Анатолий Ким учился в Московском художественном училище памяти 1905 года. Он часто выступает как и оформитель собственных книг. В 1971 году заочно окончил Литературный институт им. А.М. Горького, где занимался в творческом семинаре В. Лидина. Перебрал много самых разных профессий (был крановщиком башенных кранов, мастером на мебельной фабрике, киномехаником, художником-оформителем, инспектором-искусствоведом в Художественном фонде СССР, вел семинар прозы в Литинституте, преподавал в Сеуле в Южной Корее, работал в издательствах и редакциях), что помогло ему ориентироваться в жизни.

. Его рассказы и повести тематически связаны с Дальним Востоком и Сахалином и несут на себе печать национального корейского миросозерцания, быта и фольклора. Сильное развитие в прозе Кима получили традиции русских философов и учения космистов Запада. Первые рассказы Кима привлекали не только экзотичностью материала, глубиной постижения драматически сложившихся судеб героев, но и проникновенным лиризмом, живописностью красок и тонкостью психологического рисунка. Своеобразие творчества Кима критика усматривает в единстве всех его произведений, каждое из которых является как бы завершением предшествующего произведения и началом последующего. Единство текстов служит отражением единства мира, который воссоздает на страницах своих произведений художник. На стилевом уровне художественное своеобразие прозы Кима определяется прежде всего живописностью мира. Критика неоднократно отмечала «восточное» начало в способах художественной выразительности и мировоззрения Кима.

Нашедшие отражение в рассказах и повестях Кима такие качества, как обращенность к натурфилософской проблематике, стремление познать законы единства и единения человека и окружающего его природного мира, подчиненность человеческой природы как земным, так и неземным законам существования, получили свое развитие в романах писателя. Широкая известность пришла к писателю после выхода романа-притчи «Белка» (1984).

В 1979 году писатель принял христианство, а позже написал роман «Онлирия», в котором христианские идеи нашли свое непосредственное отражение.

Произведения Кима переведены на английский, датский, испанский, итальянский, китайский, корейский, немецкий, финский, французский, японский языки.

Анатолий Ким принимал активное участие в издании периодики: газеты «День», журналов , «Советская литература (на иностранных языках)», «Московский вестник»,

С 1996 года писатель является академиком Академии российской словесности и главным редактором журнала "Ясная Поляна".

Анатолий Ким много переводит на русский язык видных казахских писателей. Самые крупные проекты: «Последний долг» Абдижамила Нурпеисова (2000) и новый вариант эпопеи «Путь Абая» Мухтара Ауэзова (2007). В 2003 году Ким перевел на русский язык корейский народный эпос «Сказание о Чхунян».

С конца 2004 года Анатолий Ким жил в Казахстане, хотя часто посещал Россию. Вернулся в Москву в 2012 году и сейчас живет в Переделкино.

(2006) - нравственно-философское повествование об ответственности мира взрослых перед беззащитным ребенком, и в целом — перед будущим. Роман (1995) повествует о царстве бессмертия. Фантастически-мифологическая философская притча в романе (1992) рассказывает о конфликте двух миров: видимого, суетного и грешного, в котором живут и противоборствуют люди, кентавры, лошади и амазонки, и высшего, незримого – всемогущих существ, вершащих нравственный суд над «животным» миром, над человечеством, в конце концов уничтожающего себя тяготением к животности, своей грубой корыстной чувственностью.

Гиперболичность образов, ориентированных на устное народное творчество, яркая метафоричность, живой колорит изображаемого сочетались в прозе Кима с исповедальностью тона, очарованием доброты его героев, умением объединить большое и малое, значительное и незаметное, будничное и празднично-нарядное. Ким включает в ткань художественных произведений мифы, легенды, притчи, символы и образы универсального характера. Среди героев его произведений есть не только люди, но звери и птицы, великаны и карлики, мифологические существа и фольклорные тотемы. Все они как бы не имеют четко очерченных границ, не существуют сами по себе и сами в себе. Персонажам Кима свойственно трансформироваться, сплетаться, видоизменяться перетекать из одного в другого, быть самими собой и одновременно другими. Им характерно непостоянство облика и характеристик. Это свойство прозы отчетливо проявилось в романах