Главные книги Искандера написаны в своеобразном жанре: роман-эпопея «Сандро из Чегема», эпос «Детство Чика», повесть-притча «Кролики и удавы», эссе-диалог «Думающий о России и американец». Сюжет многих его сочинений разворачивается в селе Чегем, где автор провёл значительную часть своего детства.

В 1979 году участвовал в создании неподцензурного альманаха «Метрополь», изданном в США, за что на несколько лет был практически отлучен от советской печати. Только в 1984-1985 годах в периодике появились новые рассказы Искандера.

Был членом жюри на финальной игре Высшей лиги КВН 1987 года. Как общественный деятель и духовный авторитет общества, неоднократно выступал в защиту малочисленных народов.

Фазиль Искандер был членом Центральной ревизионной комиссии Союза писателей СССР (1986-1991), сопредседателем секретариата правления СП СССР (1991), народным депутатом СССР от Абхазской АССР (1989-1992), членом комиссий по Государственным премиям России, по правам человека и по помилованиям при президенте РФ, совета по культуре и искусству при президенте РФ. Также является академиком РАЕН (1995), членом Академии российского искусства (1995), Независимой академии эстетики и свободных искусств (1995), почетным доктором Норвичского университета (США), членом и лауреатом Баварской академии изящных искусств (Германия).

В настоящее время живёт в Москве, является старейшиной и наиболее уважаемой фигурой в московской абхазской диаспоре.

Рассказы и повести Искандера переведены практически на все европейские языки. По мотивам произведений Искандера было снято множество фильмов.

.

Женат с 1960 года. Жена — поэтесса Антонина Хлебникова (Искандер). Имеет сына Александра и дочь Марину. Весной 2011 Фазиль и Антонина Искандер совместно выпустили книгу стихов «Снег и виноград».

Фазиль Искандер награждён рядом престижных отечественных и зарубежных премий: Государственной премией СССР (1989), Государственной премией РФ (1993), премией имени А.Д. Сахарова "За мужество в литературе" (1991), Пушкинской премией фонда А. Тепфера (1992), премией "Золотой Остап", Малапарти (Италия), "Триумф" (1998), памятной медалью РАН "Шедевры русской литературы ХХ века" за выдающийся вклад в развитие культуры России (2003). В 2011 году Искандер стал лауреатом литературной премии "Ясная Поляна" имени Л.Н. Толстого и обладателем премии правительства России за сборник "Избранные произведения". Указом президента был трижды награжден орденом "За заслуги перед Отечеством" в 1999, 2004 и 2009 годах. Награждён орденом "Честь и слава" I степени Абхазии (2002).

Философская сказка "Джамхух - Сын Оленя, или Евангелие по-чегемски" повествует о судьбе истины в мире. Основой сюжета выступает абхазская легенда, но облечён сюжет в форму волшебной сказки с использованием её традиционных элементов (испытание героя, волшебные помощники). Библейские реминисценции лишь усиливают смысловую глубину произведения.

В фантастическом ореоле предстаёт перед читателем хронотоп Абхазии, присутствующий во многих произведениях писателя (например, «Сандро из Чегема»). Абхазия здесь сродни некоей вымышленной стране, она идеализирована, приближена к временам легендарным, даже мифическим, наделена иными свойствами, словно одушевлена. Здесь очень велико влияние фольклора.

К фантастическим элементам стоит отнести и антропоморфизм и сакрализацию природы, животных и деревьев (“Рассказ о море”, “Чаепитие и любовь к морю”, “Школьный вальс”, “Святое озеро”, “Дерево детства”, “Большой день большого дома”). Образ дерева у Искандера – это отдельный архетип и символ – символ жизни, развития человека и народа, символ надежды.

Сказочные и мифологические сюжеты, как и намёки на них, способствуют более глубокому изображению современного мира, расширяют границы времени и пространства, углубляют художественный смысл повествования за счёт возникающих культурных реминисценций.

Проза Искандера сложна и многогранна, за внешним сюжетом всегда лежит внутренний подтекст, иные пласты смысла. Так и с фантастикой в его творчестве: она не лежит на видном месте, но она есть в большинстве его произведений. Автор испытал на себе влияние многих писателей, как прошлых поколений, так и своих современников, но умело выработал собственную поэтику и неповторимый стиль. К примеру, в философско-социальных повестях и сказках звучат отголоски творчества , часто автор обращается к мифологии, используя как отдельные мотивы, так и мифы в целом.