Отец — Борис Вахтин, журналист, специальный корреспондент «Комсомольской правды» в Ростове-на-Дону, в 1935 году арестованный и расстрелянный в 1938 году; мать — журналистка, будущая писательница Вера Панова (1905—1973).

В 1937 году Борис Вахтин вместе с матерью, старшей сестрой и младшим братом переехал к бабушке, в полтавскую деревню Шишаки.

В 1954 году окончил китайское отделение Восточного факультета ЛГУ, в 1957 году — аспирантуру. Учился у академиков В. М. Алексеева и Н. И. Конрада. С 1952 года работал в Ленинградском отделении Института народов Азии АН СССР, где в 1962—1964 годах заведовал Дальневосточным кабинетом.

С конца 60-х гг. проживал в кооперативном писательском доме (Новороссийская улица, дом 22).

Похоронен на кладбище в Комарово.

Сын — лингвист Н. Б. Вахтин (род. 1950).