Творчество Алексеева развивается в русле реалистических традиций и вместе с тем сочетает в себе притчевость, символику и причудливость композиции. В первых романах следовал в основном традициям так называемой "деревенской прозы", за что А. Архангельский причислил его к эпигонам Вас. Белова. В. Курицын же, анализируя первые романы Алексеева, назвал их автора "самородком, обладающим мощной энергией развития, как в интеллектуальном, так и эстетическом плане".

Резонанс вызвал роман "Крамола" (1 кн. - 1989; 2 кн. - 1991), в котором гражданская война в России 1918-1920 годов, сопоставляемая с событиями XII века, оценивается как национальная катастрофа. Расстрел в октябре 1993 года российского парламента стал основой так называемого "семейного" романа "Возвращение Каина". Его цикл приключенческих романов "Сокровища Валькирии" занимает прочное место в рейтингах бестселлеров; это произведение, в котором предложена оригинальная трактовка славянской истории, стало по-настоящему культовым. Роман "Покаяние пророков", написанный в 2002 году, - это новый, ещё более дерзкий и актуальный взгляд на прошлое и будущее России.

В 1985 году за роман «Слово» получил премию Ленинского Комсомола и премию журнала "Наш современник" (№№ 2,3,4), а в 1987-м премию ВЦСПС и Союза Писателей СССР за роман «Рой». Позже, в 1995 году уже в постсоветское время удостоен премии имени М.А.Шолохова за роман «Возвращение Каина», весной 2009 г. стал лауреатом премии Кузбасса за роман-эссе "Россия: Мы и мир". По книгам Сергея Алексеева сняты художественные фильмы, пьесы поставлены на сцене Вологодского драмтеатра.

С 1985 года Сергей Трофимович Алексеев жил и работал в Вологде. Некоторое время назад Алексеев перебрался в Москву, так как потребовалось частое присутствие автора в издательстве. Но в Москве он проводит только холодные зимние месяцы, остальное же время живёт и работает на даче в деревне или в Вологде.