Родился 30 августа (по новому стилю 11 сентября) 1882 года недалеко от Новгорода, в деревушке на берегу Волхова, где родители снимали дачу. В семье, кроме Бориса, было три дочери. Ещё мальчиком выучился Борис метко стрелять — ходил на охоту в Крыму, когда гостил летом на хуторе у брата Софьи Перовской. А более всего увлекался морем. Да и морское искусство было в традиции семьи: два старших брата Степана Васильевича, Николай и Александр, — герои обороны Севастополя, контр-адмиралы; Аполлон дослужился до лейтенанта на флоте, но утонул во время кругосветного плавания; Пётр занимался строительством маяков на Чёрном море (генерал-майор в отставке). И маленький Борис Житков рос моряком.

Гимназические и университетские годы Житкова совпали с нарастанием первой русской революции. Живя в порту одной жизнью с моряками, Борис Житков с отроческих лет помогал революционерам-подпольщикам: добывал воск для гектографов, распространял листовки, прятал их до времени в надёжных местах.

В 1901 году Б. Житков поступил в Новороссийский университет на математическое отделение. Но 3 марта 1901 года его отчислили из университета за участие в “университетских беспорядках”. Только благодаря хлопотам отца ему в 1902 году удалось восстановиться в университете, но на естественном отделении. Вся семья Житковых находилась под полицейским надзором. Желая избежать его, Б. Житков записался добровольцем на фронт на Дальний Восток, но, по неизвестным причинам, через месяц возвратился в Одессу.

Будучи студентом университета, Житков сначала увлекается игрой на скрипке, но позже решает променять её на занятие фотографией. Также он по-прежнему уделяет много времени спорту и путешествиям: уже в 1901 году вступил в яхт-клуб, ходил под парусами в Варну, Марсель, Яффо, Констанцу. Сдал экстерном экзамен на штурмана дальнего плавания.

В июльские дни 1905 года после длительной забастовки одесские моряки создают свой профсоюз “Регистрация судовых команд Черноморского торгового флота”. Борис снова оказался в Одессе и принимал активное участие в работе этого профсоюза, стал членом стачечного комитета, входил в группу обороны еврейского квартала, но не принадлежал ни к одной партии. За участие в многотысячном митинге его снова исключили из университета. Восстановился он только весной 1906 года. Окончить университет ему не удалось: он получил свидетельство о прослушивании курса университета.

С января 1907 года до весны 1909 года он жил в Петербурге. В 1908 году женился на Фелицате Фёдоровне Гусевой, в этом браке родились двое детей – Фелицата (1910—2000, известная спортсменка) и Николай (1912?).

Вернувшись в Одессу, он получил заманчивое предложение поехать в ихтиологическую экспедицию на р. Енисей, где ему предстояло быть одновременно и капитаном, и начальником отряда по изучению сибирской реки. Ему было поручено обследовать Енисей до самого устья, до Ледовитого океана, и изучить водящихся в реке рыб. Он с восторгом принял это предложение. По прибытии получил специальное моторно-парусное судно, но в разобранном виде, и Житкову пришлось собирать судно самому, вместе с ярославскими плотниками-переселенцами, которые

В 1912 году вместе с другими студентами-корабелами ушёл в свое первое учебное кругосветное путешествие, через три океана из Петербурга во Владивосток. Начал он это плавание юнгой, затем стал кочегаром и к концу путешествия уже был помощником капитана. Был в Индии, на Цейлоне, в Китае, в Японии.

После путешествия Житков встретил Елизавету Петровну Бахареву, которая следующие десять лет была его женой.

В 1914-м году Борис Житков командирован на Николаевский судостроительный завод, принимает участие в завершении строительства броненосца “Мария”.

В 1915 году в Архангельске как инспектор “Русского Ллойда” занимался проверкой морских судов.

Затем Житков перешёл на военную службу в морской авиации. В 1916 году, после окончания института и срочного выпуска гардемаринов, Борис получает звание прапорщика по авиационной части (и был направлен в распоряжение Военного морского штаба, штаб командировал его в Англию принимать моторы для самолетов и подводных лодок), а годом позже – подпоручика по адмиралтейству.

При этом он оставался тесно связанным с революционным подпольем, но так умело конспирировался, что когда в 1917 году охранка арестовала Житкова, то за неимением улик жандармы были вынуждены выпустить его…

Борис вернулся в Одессу, устроился работать морским инженером в порту. С 1918-го по 1920 год Одесса попеременно находилась под властью иностранных армий и Центральной рады, атамана С.В. Петлюры и генерала А.И. Деникина. Житков был вынужден скрываться. Отпустив бороду, он служил сторожем на «университетской даче», потом рыбачил вдалеке от города, на пустынном берегу. Этот период нашёл позже отражение в рассказах "Варька", "Беспризорная кошка".

Весной 1920 года Б. Житков от отдела губнаробраза направлен заведующим технического училища в Тираспольский уезд, в 1922 году преподавал черчение, химию, физику в Одессе на рабфаке.

А осенью 1923 года уехал в Петроград к своему другу К. Чуковскому. В Петрограде он ищет работу на заводах, в порту, в проектировочных бюро. Он всё ещё считает себя кораблестроителем-инженером.

11 января 1924 года в дневнике Житкова появляется запись: «…Житков, Гарин, Олейников, Хармс (отчасти) доказали мне с несомненностью, что деспотизм — неизбежная национальная особенность наших крупных людей». Пожалуй, самым разносторонним и деятельным (после Мар­шака) сотрудником нашего журнала стал Борис Житков, работавший во многих отделах одновременно. Это был острый, нервный и не слишком сговорчивый человек. Творческие от­ношения между ним и Маршаком были такими сложными, что в них и «сунуться» было нельзя. Оба высоко ценили друг друга и всё же часто спорили. У Бориса Степановича была тяга к психо­логизму в литературе. Но он был замечательным рассказчиком и обладал необыкновенной, точной и конкретной памятью, и Самуил Яковлевич заставлял Житкова писать про­сто — о фактах и событиях, которые тот наблюдал на протя­жении своих обширных странствий и о которых необыкновен­но хорошо рассказывал в товарищеских беседах. Житков поначалу этому противился, но в конце концов поддавался. И со­здавал при этом свои лучшие произведения, такие, как «Про слона», «Чёрная махалка», «Дяденька», Борис Житков считается основоположником научно-художественного жанра в детской литературе.

Создал циклы детских рассказов «Что я видел» и «Что бывало». Главный герой первого цикла — любознательный мальчик «Алёша-Почемучка», прототипом которого стал маленький сосед писателя по коммунальной квартире Алёша (будущий известный профессор-океанолог Алексей Нестеров).

Автобиографический рассказ Житкова «Слово» (для взрослых), по мнению литературоведа «Книжка-то очень современная, но изображено (внешне) старое. Кажется, будто это анахронично, только поверхностным критикам. Разумеется, что в чеховские времена я так бы не писал» сохранила экземпляр книги 1941 года (несколько экземпляров этого издания романа также сохранились в библиотеках). Запоздалая публикация привела к тому, что это значимое произведение после 1933 года выпало из литературного процесса.

Обширные знания в естественных науках и личные впечатления, накопленные во время странствий по всему миру, привели Житкова в научную фантастику. Им создано немного: современная сказка для взрослых «Элчан-Кайя» (1926) — про каменный корабль, фантастический очерк «Микроруки» (1929), в котором Житков описал способы изготовления и применения микроманипуляторов, одного из направлений нанотехнологий, получивших развитие с началом XXI века.

И главное нф-произведение — изданная посмертно повесть «Без совести» (1990), над которой писатель начал работать в 1928 году, так и не решившись опубликовать её при жизни. Это яркий образец «романа-предупреждения» — об ответственности учёного за свои изобретения и открытия и опасности попадания достижений науки 20 века в руки «человекоподобных».

Житков скончался от рака лёгких в Москве 19 октября 1938 года. Похоронен на Ваганьковском кладбище.